身内で利用するホスティングサービスをはじめたいのですが、サーバーにインストールする管理者向けソフトにはHDEcontroller以外に何がありますでしょうか？（コバルトの管理インターフェースみたいなものがベストなのですが。。）

管理者のレベルにも寄りますが、Cobalt Raqの標準ユーティリティーやHDEなどが経験上良いと思います。管理ツールを導入すると当然管理ツール自体のパッチの出方次第でサーバのセキュリティーも変わってきますので、よくご検討された方が良いと思います。

また、zeus等が他には有名どころと言って言いと思います。

Bフレッツでも引いて自宅サーバなのでしょうか。それともドコかにホスティングするのでしょうか。料金やドメイン数、ユーザ数も大切ですが、商用で使われる場合などかなり慎重に選択する必要がありますよ。