原因にも色々あるようです。
ここの方はHDDの名前を変えたところ消えてしまったとのこと。
http://homepage1.nifty.com/noise/news/0206news.htm
dlmaniax 2002年06月過去ログ
ここの方はIEをバージョンアップしたら消えたそうです。
他にも異常終了が発生した場合に消えたということもあるようです。
こちらの方はedit bookmarksを開いたら昔のブックマークになってしまったという方です。はっきりとした原因はわからないようですが。
ブックマークファイルは残ってたみたいですよ^^;
手がかりではなりますが、いまいち原因がはっきりしませんね・・・