フレームを使ったSEO上の問題点や対応方法など教えてください。

そのものズバリの記事です。

フレーム内のページにヒットした場合、Googleなどではフレーム内のページのみが検索結果の表示対象になります。従って、フレームで制御しているヒットページ以外のページ（フレーム右側のページがヒットした場合のフレーム左側のページようなぺーじ）は表示されないので、全てのページにおいて、トップページに対するリンク処理をする必要があります。

どうしても毎ページに表示したい内容があるなら SSI などを使用してみるのも良いと思います。