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ここのrpmとソースコードのところにもありますが、直接ソースコードからmake,make installした場合、make uninstallで削除できるはずです。一旦BIND9を削除してみてください。
多分、いろんなところがBIND9のインストールでおかしくなっているのではないかと思いますので,
ここを参考に、bind9,8ともuninstallした後、改めてお使いになるbindをinstallするほうがいいかと思います。
実際はapt-get install bind9 (bind8)とやってインストールしたほうが、必要なパッケージを全て自動で持ってきてくれるので楽ですよ。
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