「使うべきではない」という言葉は「使ってもいいけど必ずではないよ」という意味なのでしょうか、それとも「絶対に使うな」の意味なのでしょうか。

前後の文にもよるでしょう

「絶対に使うべきではない」という場合もありますし「こういう場合では、（〜以外では）使うべきではない」というのならケースバイケースですし「〜でない限り、使うべきではない」ならば、方法がなければ使ってもよいとも取れます

使うべきではないという言葉は、「使わないほうがよい理由がある」ということので、その理由によって禁止の度合いが違うということでいかがでしょうか？

『べき』というのは推量の助動詞です。つまり推測しているにすぎず”絶対”のような強い意味はないですね。つまり『使うべきではない』は『使わないほうがいいと思う』と言い換えることが出来ると思います。

参考-推量

文法上は、推量・意志当然・適当・可能・命令。。。とありますから、

コンテキスト上の問題にもなる余白を残していることもあるでしょうね。

ご参考まで。

　「使うべきか、使わざるべきか……？」

　「葬式で、笑うべきではない」といえば「決して笑ってはいけない」、

「結婚式で、笑うべきではない」といえば「みだりに笑ってはいけない」

と解釈されます。

　しからば「何々すべきかどうか」は「とくに限定すべきではない」と

思われます。