独立行政法人に対して、敬称を用いる場合には、貴社というのを使ってもおかしくないのでしょうか？　それとも独自の敬称があるのでしょうか？

独立行政法人の団体名の後に何がつくかによって変わってきますよ

〜研究所のこともあれば〜協会のこともありますから

大概はそのまま 御〜で良いようです

参考

↑ダミーです。

団体によって、例えば大学なら貴校、公社なら貴社等の使い分けが必要だと思います。よくわからない場合は貴団体という言い方も有りのようです。

こんなのを、見つけてしまいました。

一般的には組織名の末尾の語句の前に「御」をつけるそうです。

法人名が、

○○センターだったら、貴センター

△△美術館だったら、貴美術館

□□博物館だったら、貴博物館

○○研究所だったたら、貴研究所

△△機構だったら、貴機構

□□基金だったら、貴基金

のような感じで如何でしょうか？

相手によって使い分けるそうです。貴法人、という表現も聞きますが。