MacOSXで「あるファイルをあるアプリケーション内のパッケージの中の任意のフォルダにコピーする」という作業を自動化したいのですか，どのような方法があるか教えてください．インストーラのようなものを作成したいと思っています．

Developer toolに付属する「AppleScript Studio」を使えばいいと思います。

パッケージの指定の書き方のポイントは上記辞書のbundleの項目をご参照頂いて、あとはapplescriptのcopy命令と組み合わせれば作れると思います。ただし、管理者権限でのログインが必須になると思いますが。

copy命令の実際のようす。

「AppleScript」「AppleScript Studio」の入門サイトです。

「AppleScript」についてはここも参考になります。

PackageMakerを使ってインストーラを作成してみてはいかがですか？

インストールの前後、アップデートの前後でスクリプトを実行できます。