ATOKのアップデータは試されましたか?
ATOKが古いバージョンだとアップデータの必要な場合があるようです。
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;ja;811845
フック プログラムにより Windows 2000 のデスクトップに IME 2000 のツール バーが 2つ表示されることがある
マイクロソフトのサポート技術情報によるとそのような現象は発生するそうです。
ちなみにspy++とはMicorosoft Visual Studioという開発ツールの付属プログラムでスパイウェア等とは違います。
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;ja;418466
言語バーが 2 つ表示される現象について
また、IME2002でも別の原因で複数の言語バーが現れることがあるようです。
MSのサイトで情報を検索したのに探しきれませんでした。ありがとうございました。それにしてもMSのサイトは使いにくいですね。
質問の意図が理解されてないようです。あくまでも
MS-IME2000の設定をATOKもどきにしてるという意味です。