２つのエクセルファイルの差分を抽出する方法を教えてください。ちなみに、比較するファイルはデータベースをエクセルファイル化したもので、１レコード＝１行になっていて、数千行あります。

うっ

せっかくマクロを作ったのに〜
残念!

まさに、同じことを僕も悩んでいました。

会社で、管理しているExcelのブックの比較をしたくて、
色々探したのですが、行が追加されたり、列が追加されたりしても、ちゃんと比較してくれるツールが欲しかったのですが、なかなか見つからなくて。。。

って思っていたら、こんなツールを発見しました。

Excel Diff
http://www.suntrap-systems.com/products.htm

使ってみたけど、良くできています。
一度お試しあれ。