IE上でdocファイル等を直接開くと、IEの画面内にWordが組み込まれて表示される場合と、WordがIEとは別に起動して表示される場合とがありますが、これを明示的に設定することはできるのでしょうか

設定できます。

URLはダミーです。

まず、マイコンピュータからCドライブを開きます。

そして「ツール」から「フォルダオプション」を選択します。

そうすると、「ファイルの種類」と言うタブがあるのでそこを開きます。

拡張子の中からDOCという拡張子を探して、選択します。

そして下にある「詳細設定」と言うボタンをクリックし

「同じウィンドウで開く」のチェックを外すとできると思います。

つたない説明で申し訳ありませんが、参考になれば幸いです。

実際にやってみたわけではないので出来ないかもしれませんが、

リンクを張る際に <a href=”foo.doc” target=”_blank”>hoge</a> とすれば

一応新しいウィンドウで開くと思います。

参考になれば幸いです。