わかりにくいかもしれませんが、よろしくお願いします。

ローマ字直接入力の状態で、かな入力式で打たれたプレーンテキストファイル（1MB程度が数個）をかなに変換する効率のよい方法を知りたいです。（例：fwu→はてな）ただし、半分程度にURLなどのローマ字も含まれていますので、完全に仮名だけではありません。

環境は、WinXP Home SP2、EmEditor Proを持っています。

ツール、エディタのプラグインやマクロだとありそうに思いますが、目から鱗の方法があるかもしれません。

※一般的な置換やgrepでの置換程度は行っています。
※※また、実験的なことなのですが、同程度の内容でしたら遅い回答の配分を増やしてみたいと思いますので、なるべく遅く（深夜頃にチェックします）回答いただきたいです。