携帯電話のiモードのある有料情報サイトに入っていたのですが、何らかの操作ミスでiメニューに入ってなかったらしく普通の操作では「未登録のメニューは削除できません」となって、解約できません。

そのサイトに問い合わせてみてはいかがですか？たぶん（あくまでたぶんですが）サイトによって方法が違ったりするのでは？

やはり、ドコモに問い合わせるのが１番妥当だと思いますが・・・

私の場合はAUですが、以前「登録したのに情報がDLできない」という事になりました。

その時はサイトの連絡先にメールでその旨を伝え、課金を解除してもらいました。

サイトにメールしてはいかがですか？

翌月になるのを心配されているならメールに「今日は30日ですが、返信が翌月になる場合は課金しないでください」と書けばよいと思います。

これは「不整合」という状態が発生しています。通常マイメニュー登録とはドコモの課金サーバー（ここに登録されていることで『マイメニュー』の一覧画面に表示されます）と、提供するIP会社のサーバー（ここに登録される事で有料ページが閲覧できます）の2つに同時に登録されている状態を指します。一番多い理由は想定外の機種変更ですが、何らかのネットワークトラブルなどでこれが発生する事も少なくありません。

で、この削除方法ですが、ドコモから端末IDを見てもらって、これを該当サイトの運営会社に整合性を取る旨通達してもらう事になります。3営業日以内で対応してもらえますよ、大体のところなら。

というわけでお近くのドコモに「マイメニュー登録の不整合が起こっています」と相談されるのが一番早い方法です。