Perl CGIおよびMySQLを利用した場合のセキュリティ対策をまとめたページやチェックリストを教えてください。　またページに無くてもここは注意するべき点等ありましたら教えてください。

SQLを使う場合、SQLインジェクションの対策が必要です。

IPAのセキュア・プログラミング講座が一番まとまっていると思います。

上記に掲載されている以外と言えば・・・

例えばデータファイルのパーミションは気をつけよう！（ウェブ非公開ディレクトリが一番ですが）

とかでしょうか。

PerlとMySQLに特化したものをお求めのようですが、一度Webアプリケーションのセキュリティ全般に関するものを一読されると知識が広がって有意義だと思います。

以下のものを参考にしてください。

◆一般的な知識としてわかりやすいもの

http://www.atmarkit.co.jp/fsecurity/rensai/webhole01/webhole01.h...

◆Webアプリケーション一般

http://www.ipa.go.jp/security/awareness/vendor/programming/

http://java-house.jp/~takagi/paper/idg-jwd2003-takagi-dist.pdf

◆Perlに特化したもの

http://www.ipa.go.jp/security/awareness/vendor/programming/a04.h...

◆書籍

「Webアプリケーションのセキュリティ完全対策」

日経BP ISBN 4-8222-2971-8

http://www.bk1.co.jp/product/2496089