fedora4でapache2系を運用しているまま　apache1.3をインストールしてユーザ移行や細かい設定完了後apache2をアンインストール　そして1.3のみで運用…　なんて事はできますか？2系から1系に変えたいのですが　いい方法を教えてください。

基本的には技術力とサーバーの処理能力があれば下記の手順で可能です

1)apache 1.3/2.0をそれぞれポート番号かIPアドレスを変えて(要するにかぶらないように)起動するように設定(便宜上2.0をポート番号80番ということにします

2)2.0の方でmod_proxyを使用，あるURLは1.3に接続されるように設定

3)2)を必要な数分設定，移行ということでどんどん設定を追加(あるいは1.3を2.0をある時点でポート番号，転送設定を逆転させる

4)完全に移行できたら1.3をポート番号80にする

サーバーのリソース的にapacheを同時に2つ立ち上げること，mod_proxyの設定やapacheの設定をする技術力があることが前提になります．