rootユーザでcronを設定する場合、

まず、各ユーザの crontab をいじる場合は、URL にあるように ファイルを直接修正するのではなく crontab -e コマンドを使うことが推奨されます。

/etc/crontab と crontab -e の使い分けは、システム全体として自動実行を行わせたいジョブか、一ユーザとしての root として実行させたいジョブかという観点で分ければよいでしょう。

機能上はどちらに書いても違いはありません。

URLはダミーです。

/etc/crontabと/var/spool/cron/の違いは前者がシステムジョブ(デイリーログローテーションやデイリーバックアップなど)で使用するもので、全てroot権限で実行されます。

また、この内容はリアルタイムで反映されませんので、このファイルを変更した後はcronにHUPシグナルを手動で送信する必要があります。

後者はユーザジョブと言われるもので、許可された各ユーザごとのcronが入ります。実行ユーザは各ユーザとなり、ここには主に頻繁に変更したり、臨時で実行するジョブ(臨時バックアップ、その他臨時ジョブ)、それとユーザジョブ(ホームディレクトリ内のクリーンアップジョブなど)を入れたりします。

なお、後者の場合は”crontab -e”コマンドで編集した場合、自動的に変更が反映されるのが特徴です。

rootだけで考えれば、前者も後者も同じようなものですが、他の一般ユーザから見た場合、後者のcronしか使用できませんので、rootの場合は、前述のような使い分けをしたりします。