【論理的回答求む】

タテに消す場合、消すバイキンの上に同じ色のカプセルを積み上げるだけでよい。

ヨコに消す場合、消すバイキンが下から2段目以上にあると、

その横に同じ色を並べるためには、土台となるカプセルを置かなければならず、

タテに消す場合より使用するカプセルが多くなる。

よって、タテに消す場合の方が消しやすい。

あれ？質問者さんと逆になってしまいました･･･。

レベルがあがると初期配置されるバイキン数がどんどんとあがり、上に積むものをまちがえるとすぐにゲームオーバーしてしまうほどになります。こういう場合は横消し技もつかうことが必須です。（ファミコン版ドクターマリオのレベル２５など）

ただ、初心者に教えるにはやはり縦でしょう。

縦幅よりも横幅が少ないため、１直線をつくる余裕が横では少ない（３色を並列してつくってゆきづらい）のと、下の方のが偶然で急に消えてずれが起こり積みが無駄になることも少ないのです。

少しレベルアップしてきたら、バイキンが横に赤、赤、空き、赤のように並んでいるときは、同時消しによる高得点をねらうためにも横消しや、連鎖をつかいます。しかしこれも縦消しと同等に組み合わせられます。

ファミコン版ドクマリと細菌撲滅とでは、カプセルが半分になった「落ち玉」の操作性が違うので、細菌撲滅ではカプセルの有効活用のしやすさは縦と横とでずいぶん差が無くなったようにおもいます。

結局、「ファミコン版ドクマリでは縦が消しやすい」

「細菌撲滅では同じくらい」

という考えです。

http://www.hirax.net/dekirukana8/ccd/

一般的には視覚特性は、水平・垂直の差は言究されておらず、斜めの視覚特性が劣っていることのみが明らかにされている。

垂直よりも水平が得意とされているのは、同様のゲームで過去水平を同一にしようとした経験が多かったからでは…。