法令で定められたものが「区分所有法」内の決定事項だとすると、双方合意のもとで決められた事柄が「別段の定め」になります。
たとえばマンションで「自転車置き場が有料2000円」と合意の元で決めると
自転車保管者は「別段の定め」に基づき「2000円の使用料の徴収」となります。
本文の定めとは違う所の制定きまりだという事です。
15条2項を除いて、管理組合が区分所有法と異なる管理規約を定めていいということです。
例えば、14条4項なら共有部分を支払い管理費の金額で持ち分を決めるという規約を作ったらそれが優先するということです。