ある会社と、合併ではなく、グループ企業みたいな感じで、対等な協力体制を構築したいと思っております。

まずは雑学、アイデアの宝庫から当たってください。http://choxets.blog8.fc2.com/どうですか？

http://www.moj.go.jp/SHINGI/970122-3.html

http://www.fukushima-as.com/as_co_news/file_name/ag9507060404

参考まで。商法の改変により、随分と簡素化されたようにもいわれていますが、実のところ、公的書類の準備など、かなり面倒です。弁護士とはいわないまでも、合併、業務提携を専門とされている行政書士に任せるのが無難だと思いますよ。

持ち株会社をつくってみたらどうですか？　株式会社○○ホールディングスみたいな感じです。

会社法改正で楽に株式会社へ移行できますからその後に出資しあえばいいのでは？

http://www.e-tokyo.jp/note01-08.html

一般的に対等なというのは難しいですね。

　質問文中の「対等な協力体制」とは、「元請け-下請け」とか「親会社-子会社」といった関係ではないという意味だと解釈して、以下の３方式をあげてみます。

• JV(Joint Venture:共同企業体)

　建設業界でよく見られる方式です。大規模な工事現場で、社名が羅列された末尾に「JV」と表示された看板を見かけたことがあると思います。

　JV自体が契約主体となり、実務は参加各社が分担します。JV参加各社間には「元請け-下請け」の関係が生じないので、その点で対等な関係であるといえるでしょう。

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%85%B1%E5%90%8C%E4%BC%81%E6%A5%A...

http://66.102.7.104/search?q=cache:PcfrGjH7PIcJ:www.jaspanet.or....

• 中小企業の組合

　企業や個人事業者を組合員とした組織です。例としては、信用組合があげられます。

　社員研修や福利厚生を統合する、機材を共有する、資材を共同購入する、企業の事業内容そのものを統合するなど様々な目的で設立できます。

http://ja.wikipedia.org/wiki/Category:%E4%B8%AD%E5%B0%8F%E4%BC%8...

http://www.chuokai.or.jp/k-guide/guide.htm

• 製作委員会

　アニメや映画業界でよく見られる方式です。著作権表示で「(C)2005「NANA」製作委員会」の様に表記されているのを見かけたことがあると思います。

　JV参加各社が実務の担い手であるのに対し、製作委員会参加各社は基本的にスポンサーという立場になり、その点で対等です。実務は、参加企業の一部ないし外部の企業が請け負います。

http://bizns.nikkeibp.co.jp/cgi-bin/search/wcs-bun.cgi?ID=265972...

http://d.hatena.ne.jp/TRiCKFiSH/20060320/p2

http://www.style.fm/as/13_special/houdan_050620_2.shtml

http://www.itmedia.co.jp/news/articles/0505/31/news014.html