会社にオーナーがいます。

http://www.houko.com/00/01/M40/045.HTM#s2.38
（業務上横領）第253条　業務上自己の占有する他人の物を横領した者は、10年以下の懲役に処する。
http://www.isojiman.com/tools/cpr-07-1.pdf#search='讌ｭ蜍吝・謗瑚ｦ丞ｮ・
http://www.shinenet.ne.jp/~kikuchi/q-a/kaisyahou/kaisyahou-5.html
企業の資金は企業に帰属する資金であるため、業務分掌規定若しくは、株主総会議決事項・取締役会議決事項等該当する機関の意思決定がない限り、自由に払出しをすることはできません。
よって、刑法第235条に規定する業務上横領罪に該当します。

　横領ではなく窃盗または詐欺になりかねない事件と考えます。

　例えば、銀行通帳と銀行印をオーナーが正当な理由で保管していたというなら横領罪ですが、勝手に銀行印を偽造したりしたといった場合には窃盗罪あるいは詐欺罪が成立します。
　オーナーとはいえ、単に筆頭株主であるというだけでは通帳を保管する正当な理由ではないと考えます。独立した法人ですから。
　
　早急に返還を請求して下さい。