農作物の物流について、詳しくないので、大きく分けて２点ほど、教えていただきたいのですが、

母親が農業やってるんですけど、

農協では農薬を使っていないか定期的にチェックしてるそうですよ。

結構きびしいらしくて、自分の隣の畑で農薬が使われていたら風で飛んでくるからダメとか。

農協がチェックしてるというより、なんか県？国？がチェックしてるそうです。

基準値とかあるんじゃないですかねぇ。

http://www.agr.kyushu-u.ac.jp/new_05/syllabus/2005syllabus/02in/...

（１）　代表的な農協・卸売市場経由の場合です。

　生産者→地元のＪＡ→伝票は経済連（全農県本部・ホクレンなど）→卸売市場でセリ→仲卸→小売店→消費者です。

　それ以外にも契約販売で、生産者からＪＡや集荷業者に集められ、小売店へ流れるルートが近年多くなっています。

（２）　一般的には農協出荷した場合は、「共計販売」と称して同じ日・期間に出荷したものに対して、出荷先で輸送費や価格が異なる部分を勘案したプール計算を行っています。

　北海道の場合は全道的な取り組みとしてYES!Clean栽培を行っています。YES!Cleanは別な共計区分を起こして販売しているケースが多いそうです。そのようなことがない場合は同じ扱いになってしまいます。

　そのため無農薬栽培などをされている方は、農協を経由せずに契約販売などで売られる方が多いようです。

農産物流通は複雑化しており体系だって説明する自信はありませんが、可能な範囲でお答えします。私も勉強したいところ・・・。

（1）どのような流れ？

この図が分かりやすいと思います。

http://www.pref.kagawa.jp/nousei/santa/nozoku/ryuutsu.htm

米と青果物、畜産や花でも違いますが、私が説明しやすい青果物を例にとります。この図（下側）にいくつかルートがありますが、これまでのオーソドックスなルートは、農家が自分が属している農協（地域単位や作物単位）の集荷場に持ち込みます。この後、○○JAというブランドで、卸売市場に持ち込む（この間もいくつかルートがあるようです）。小売はこの市場から買い付けて店頭に並べるというルートです。卸売市場には、卸と仲卸がありますが、各地から集めた農産物を卸が仲卸に販売する構図です。

シェアは分かりませんが、大手小売（イトーヨーカ堂など）が直接○○JAや特定の農業者（の集まり）と契約し仕入れてくるルート（図の一番左の二本のライン）も目立つようになりましたね。ヨーカ堂のように扱う量が大きく継続して仕入れられる小売業者は、販売するJAや農業者にとっても魅力の筈です。

図の一番右端のラインが直販、右から二列目のラインが直売所（産直センター、道の駅）ですね。

因みに、卸売市場が関与する農産物流通の説明もご参考まで。

http://www.shijou.metro.tokyo.jp/about/

（2）農協での買取

これは農協によって変わってきていると思います。

ただ、これまでは外形（サイズ、形など）が主たる買取価格決定要因で、ご質問のように、味の違いや生産時のこだわりが個別に反映されにくかったと思います。なので、本当の意味で小売や消費者に評価され、それが適切な価格に反映されるという自信を持つ農業者は、農協から離れ独自の道を歩むことになってきています。

農協は、組合員の相互扶助のための組織ですので、突出する組合員だけ優遇できませんが、全体としては強くしたい。農協にとってはジレンマ状態だと思います。ただ、強い集団をつくるJAも出てきているように感じます。

農協の全体像

http://www.zenchu-ja.or.jp/profile/x.html

http://www.e-shokuiku.com/circulation/12_1.html

（１）に関しては、こちらのページが参考になると思います＾－＾

「Ａ農家は無農薬で手間を掛けていて美味しい作物を作っているのに対して、Ｂ農家は農薬をガンガン使っていたりして、その両方が同じグラムいくらなどで、買取価格が一律だったりすると、誰も頑張らなくなるのではないか？」に対して、「そんなことは無いよ」と言いたかったわけで。

すいません。

（１）農家→農協→市場→卸問屋（販売店）→販売店→消費者

（２）価格は市場で決められます。（基本的に）農薬の使用の有無は、農家が表示するかどうか決めるものです。ですから農薬を沢山使っても「無農薬」として販売することは可能です。偽って販売した場合でも、それほど多きな罰則はありません。

農家を丁寧に扱わない国家は退廃していく、と誰かが本で書いてました。そうかもしれないな、と農家をしていたことがある自分も思います。はぁ・・、なんたら国になっちまっただ、日本は。