IISでWindows認証を行えば、サーバー側のスクリプト言語にかかわらず、ページ/スクリプトファイルごとにアクセス制御ができます。少なくとも、そのレベルではActive Directoryの恩恵を受けることができます。

それ以上の連携としては、

http://www.php-editors.com/forums/showthread.php?t=1719 にはphp_info()を使って、環境変数からユーザー情報を取得する方法やLDAPとして連携する方法が紹介されています。http://www.sephiroth.it/phpBB/archive/index.php/t-2625.html にはLDAPとして連携する具体的な方法がコードが書かれています。ほかにも検索するといくつか出てきますが、LDAPとしてActive Directoryにアクセスするのが一般的なようです。