fedora core5をＷＥＢサーバとしてインストールするとapxsがついてこないとのことですがapxsとはなんですか？

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apxs = apache拡張ツール、です。

apache には php などを apache の機能の一部であるかのように利用する機能がありますが、これを使う場合に必要なものということになります。

逆にいうと、--with-apxs2= なしで作った php は、apache のモジュールとしては使えません。CGI としての利用ならできますが・・。--with-apxs2 あり php はモジュールとしてもCGIとしても利用できます。

(CGI版だとphpで書かれたページが閲覧されるたびに php コマンドが内部的に実行されるので効率が悪くなりますが、suexec などのCGI特有のセキュリティ機構が使えるので柔軟性があがるという面もあります。)

http://httpd.apache.org/docs/2.0/ja/dso.html

http://httpd.apache.org/docs/2.0/ja/programs/apxs.html

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apxsとはAPacheの拡張機能（eXtenSion）のことです。

標準モジュールでない、サードパーティや独自のDSOモジュールをコンパイルしてインストールすることができます。

まず、apxs (/usr/sbin/apxs)アプリケーションをインストールします。

次に、/usr/sbin/apxs コマンドを使用して Apache ソースツリーの外のモジュールソースをコンパイルします。

詳しくは

http://www.kk-net.ne.jp/support/extension/apache13.html

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apache2系統がインストールされると思いますが、apxsは通常のapacheのパッケージ（rpm）には入っていないです。httpd-develパッケージを導入してください。

以下のコマンドでいけると思います。

yum -y install httpd-devel

あるいは以下のURLからwgetとか

http://ftp.ne.jp/Linux/packages/fedora/core/5/i386/os/Fedora/RPM...

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http://fedorasrv.com/

yum -y install httpd-devel

という感じで httpd-devel をインストールしてみてください。

httpdに限らず xxxx-devel というRPMがあるので、何か足りないときは一度参考にしてみては如何でしょうか。