少し前の話になるのですが、日経の社員や矢村上ファンドがインサイダー取引で世間を騒がせました。

有罪確定すれば、没収されます。(証券取引法１９８条の２・１号相当)

http://www.orix-sec.co.jp/trading_rules/insider/

証券取引法に違反してインサイダー取引が行われた場合、3年以下の懲役、または300万円以下の罰金または併科されます。（詳細に関しては同法第198条15項をご参照ください。）

証取法上は罰金の支払のみ義務付けられています。

http://www.houko.com/00/01/M29/089B.HTM#s3.5

（不法行為による損害賠償）第709条　故意又は過失によって他人の権利又は法律上保護される利益を侵害した者は、これによって生じた損害を賠償する責任を負う。

→明らかにこちらに抵触する場合は、民事で損害賠償請求が可能です。

http://q-apr-25.ne.jp/ (dummy)

犯罪による収益であっても現在のところ没収されることはないので本人の利益となり課税もされます。また、起訴され罰金も科せられますし、場合によっては損害賠償などの訴訟も起こされることもあります。ただ、それでもインサイダーにより得た利益が手元に残ることもあります。

村上ファンドはイメージダウンもあり規模は縮小していますが現在も解散せず存在はします。（株価の変動はあっても株そのものは資産として残っています。)

インサイダー取引の処罰としては「３年以下の懲役もしくは３００万円以下の罰金（証券取引法198条18号）。」「法人に対して３億円以下の罰金刑（同207条1項2号）。」「売却代金のすべてを没収・追徴（同198条の2第1項2号）。」の三号があり、それぞれが単独か組合せで適応される、とのことです。

村上ファンドに関しては、シンガポールではありますがまだ継続して活動を行っています。少なくとも村上氏以外の罪は問われないようですので、会社自体はそのままになると思われます。