Flashでpng画像を読み込んでいるのですが、swfで出力すると、何故か色がおかしくなり、形がおかしくなります。

ビットマップの圧縮の仕方が問題ではないでしょうか？

ライブラリパネルから画像の「ビットマッププロパティ」で圧縮形式を変更するのはいかがですか？

「ロスレス」だと圧縮されません。

「写真画質」でも「デフォルトの画質を適用」のチェックボックスをはずすと圧縮率が変更できます。

※URLはダミーです。

http://www.adobe.com/jp/devnet/flash/

http://q.hatena.ne.jp

png画像を作成されたツールはなんでしょうか？

photoshopの場合ですと、

ファイル > 別名で保存 > フォーマットで「PNG」を選択

でうまくいきます。

また形がおかしくなるというのがどのような状態か分かりませんが、

透明部分との境界がギザギザになったり白いフチがついてしまう状態であれば、

これも上記の保存方法で解決するはずです。