JavaのプログラムをEclipseから実行した場合とExecutableJarにして実行した場合の挙動の違いについて質問です。Eclipse側ではビルドパスに、ExecutableJar側ではMANIFEST.MFのClass-Pathに、同一の外部Jarファイルへの参照が記述してあります。しかしExecutableJarを実行した場合のみ、Jythonスクリプト中からその外部Jarファイル内のクラスをインポートする部分でエラーを起こします。なおどちらの場合でも、Javaコード中でのインポートは正常に行われています。いったい何が原因でこんな現象が起こるのだと思いますか？

あまり参考にならないかも知れませんが一応エラーの詳細を載せます。

from org.eclipse.swt import SWT

というコードの部分で

ImportError: No module named eclipse

というエラーを起こしています。

Eclipseが使っているJREは1.5.0_05で、ExecutableJarを実行するときに使っているJREは1.5.0_07でした。試しに1.5.0_05のjava.exeを指定して起動してみましたが、結果は変わりませんでした。

はい。なぜならJavaコード側でもorg.eclipse.swtを利用しており、それは問題なく動いているからです。現在は対症療法としてJython側でインポートをせず、Java側からJython側の名前空間に"SWT"という名前でSWT.classをセットして使っています。これで問題なく動くのでクラスパスなどの問題ではないと考えられます。