PHPまたはperlでもいいのですが

PHPの場合、opendir()、readdir()を使えばできます。

↓ここにサンプルコードもあります。

http://php.s3.to/man/function.readdir.html

<?php
// ファイルリストを定義。
// もしファイルからリストを読み込む場合には、次のように。
// $filelist = file('./filelist.lst');
$filelist = array('aaa_bb_cc_dd', 'bbb_ee_ff_oo');

// ディレクトリ名
$dir = '20061005';

foreach ($filelist as $file)
{
    $fp = fopen($dir . $file, 'wb');
    // ... この間にデータを書き込む処理を必要なら追加 ...
    fclose($fp);
}

?>

こんな感じでどうでしょう。

#file_list.txt:

aaa_bb_cc_dd
bbb_ee_ff_oo

#touch.php:

$dir = '20061005';
$list = file('file_list.txt');
foreach($list as $file){
  touch($dir.'/'.trim($file));
}