「人力検索はてな」で、IDを使い分けたいのですが、その場合はあくまで別のIDを一から取得しなければならないのでしょうか？また、その場合、そもそも同一人物が複数のIDを持つことは許されているのでしょうか？

http://www.hatena.ne.jp/help?mode=account

はてなでは、メインアカウント以外にサブアカウントを２個まで持つことができます。

http://www.hatena.ne.jp/rule/rule#kiyaku03

ただし、メインアカウントは一人につき必ず１つ限りで、複数のメインアカウントを取ると、メインアカウントの削除の対象

になります。（はてな利用規約　第３条４項及び第３条７項）

第3条（ユーザー名とパスワード）

4.登録ユーザーは1人につき唯一のメインアカウントを保有できるのみとします。ただし、別途当社が許可した場合は除きます。ユーザー名とパスワードを取得するために登録されたメールアドレス、その他の情報は、正確かつ合法でなければなりません。

7.当社が必要と判断した場合、特定の登録ユーザーに対してユーザー名、パスワードを抹消し、本サービスの利用を禁止することがあります。

http://www.hatena.ne.jp/help?mode=account

メインのアカウント(ID)のほかに、2つのサブアカウント(ID)を持つことが出来ます。有料サービスに使用するポイントはサブアカウントで消費する分もメインアカウントから支払われますが、それ以外はそれぞれのアカウントは別々に扱われ、自分で言わない限り他人に同一人物と見分けられることもありません。

なお、同一人物が新たに一から申し込むメインアカウントを複数持つことは、はてなが認める特別な場合を除き、規約で禁じられています。

はてな利用規約

第3条（ユーザー名とパスワード）

登録ユーザーは1人につき唯一のメインアカウントを保有できるのみとします。ただし、別途当社が許可した場合は除きます。ユーザー名とパスワードを取得するために登録されたメールアドレス、その他の情報は、正確かつ合法でなければなりません。

http://www.hatena.ne.jp/rule/rule

複数アカウントの利用について

メインアカウント以外にサブアカウントを2個まで取得し、サブアカウントを使って人力検索はてなの質問、回答や各サービスを利用することが可能です。

http://www.hatena.ne.jp/help?mode=account

こちらは参考になりますでしょうか？

>そもそも同一人物が複数のIDを持つことは許されているのでしょうか？

許可されていません。(自作自演を許さないため？！)

>「人力検索はてな」で、IDを使い分けたい

サブアカウントを取得してください。

Myはてな→ユーザー登録・変更→サブアカウント設定

メインアカウント＋サブアカウント２＝計３アカウント使用可能です。メールアドレスは別なのを使用する必要があります。