ＰＨＰ→JavaScriptで変数を渡すにはどうしたらよいでしょうか？以下のようにプログラムしたところ

encodeURI(<?=$nickname?>)

はPHPの出力後に

encodeURI(MyNickname)

となってしまってダブルクォートorシングルクォトがないためエラーになってるのではないでしょうか？

以下のようにスクリプトを変更すると正しく変数が渡ると思います。

<?php
$nickname = 'MyNickname';
$email = 'myaddress@example.co.jp'
?&gt
<script type="text/javascript">
function SAVE_text(dataid,comment){
  //テキスト欄の挿入
  alert('<?php echo $nickname; ?>');
  xmlhttp = createXMLHttp();
  if (xmlhttp) {
xmlhttp.open("POST","save.php?nickname="+encodeURI('<?php echo $nickname; ?>')+"&dataid="+encodeURI(dataid)+"&email="+encodeURI('<?php echo $email; ?>')+"&comment="+encodeURI(comment),true);
xmlhttp.send("");
}
}
</script>

また、

<?=$nickname?>

のような記述の仕方はPHPの設定に依存してしまうので、少し長くなりますが

<?php echo $nickname; ?>

のようにしたほうがいいと思います。