使用する言語はPerlで、記法そのものの仕様ではなく、あくまで実装方法について知りたいです。
分かっている範囲での実装方法は、
* 正規表現で置換 (Text::Markdown)
* 一行ずつ読み込む (Text::Hatena, Text::Trac)
あたりです。
実際に、Wikiのソースを読んでみるのが良いと思います。
多くの有名なWikiはオープンソースで、ソースを読むことができます。
PHPですが、友人は、pukiwikiが読みやすいと言ってました。
*pukiwiki
ある程度は記法のパーサのソース読んでますけど。
あとWikiのソース読めというなら、WikiのURIぐらい提示してください。
PHPとかよく分からないんですが、ためしに読んでみます。