PHP に関してなんですが、ページに、特にTOPページとかにPHP使って更新情報などのデータを出力させる場合って、拡張子が.html ではなく .php になって動的ページになってしまいますよね。

処理の流れのイメージです。

一度、PHPで動的な情報を取得し、表示情報を、html形式で吐き出し、それを、ユーザーがみるというのはどうでしょう？

アクセス解析は、サーバー側で、htmlが読み込まれた回数を取得すればよいと思います。

一度試しましたが、動的ページでも問題なくgoogleの順位を上げることができました。ペナルティを受けるページの作り方、もしくは、競争相手が多いことで、順位が上がらないパターンがあります。参考までに。

収集ロボットによって収集方法は違うようですが、一様に、アドレスにパラメータが含まれるような動的ページを嫌うようです。

その理由は、サーバスクリプトが使われるページにロボットが頻繁にアクセスすると相手のサーバに負荷を与えてしまうためだったり、

最近のMVCパターンを使ったサイトのようにトップページがただのページ遷移だけのページだったりすると、そのままロボットが登録すると異なるページを同じアドレスで登録することになったり、その数が膨大になったりするため。

原因から考えて解決策は無く、結果、静的なトップページを別に作ると言うつまらない答えないなってしまいます。

ただし、グーグルでは、検索ロボットの巡回を円滑にできるような仕組としてGoogle サイトマップを用意しています（サイト内のページに関する情報を事前に登録する必要があります）ので、これを利用してみればいいかもしれません。

https://www.google.com/webmasters/tools/docs/ja/about.html

定番だと思いますが、もしもWEBサーバーの設定を帰ることが出来るならば、PHPで動く拡張子を変更してやれば効果があるのではないでしょうか？

アパッチの場合httpd.confに以下のように記述

AddType application/x-httpd-php .htm

http://y-kit.jp/saba/xp/phpsetup.htm#apache

http://phpspot.net/php/man/php/security.hiding.html