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よく状況がわからないのでどう答えてよいかわからないのですが、マグネットビーズで分離しようとしているということは、細胞に何かを導入して、発現している細胞のみを分離しようとしているのでしょうか？
マグネットビーズを使って細胞を分離するのは大体、血球細胞など特異的な表面抗原を発現している細胞をその表面抗原に対する抗体のついたマグネットビーズを使って分離するというのがよく使われる方法ですが、今回の場合はどう状況なのでしょうか？もう少し状況がわかれば、解決策を考えられるかもしれませんが。
GFPなどの蛍光タンパクを発現させているのならば、蛍光をつかって、セルソーターでシングルセルをとることは可能です。
もしくは、面倒な方法ですが確実な方法として、トリプシン処理等で細胞をシャーレからはがして、マイクロマニュピレーターで１つずつ手で拾ってくるという方法もありますが。
もしくは、トリプシン処理してばらした細胞を、ひたすら希釈して96ウェルプレートかなにかにシングルセルに分けるというもっとも基本的な方法もあります。
いずれにしろ、もう少し状況がわからなければ、なんとも言えません。私は、仕事柄、細胞培養や組織からのシングルセルの分離、組織培養、組織染色、分子生物学、遺伝子工学などでしたらある程度の技術と知識はあります。なにか役に立てればいいのですが。
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