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サイボウズOffice6でしょうか。
ファイルナビですとご要望の「一括で」とはいきませんが、１つ１つダウンロードするよりラクだと思います。
フォルダ内のファイルをまとめてDLできますが、フォルダが多ければ手間かかりますね。
http://office.cybozu.co.jp/cb6/download/download/client.html
直接サーバのcgiフォルダのあるフォルダからDLすれば、言葉通り「一括」でDL出来ますが、ファイル名情報が無いため、ファイル名・拡張子は全て自分で付け直す必要があり、現実的ではないでしょう。
この2点しか思い当たりません。
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ファイルナビを使っているのですが
フォルダが膨大なので大変なことになっています・・・