取引先が有限会社から株式会社へ組織変更しました。
普段お世話になっている取引先です。
こういう場合はお祝い等どのようにすればいいのでしょうか？
事務所移転等の場合と同じように花などを贈るような形がいいのでしょうか。
それとも、そもそも株式会社化でこのようなお祝いはしないものなのでしょうか？

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基本的には、単なる組織変更なので、お祝いをするかどうかは自由です。

有限会社から株式会社へということで昇格と考えれば、（お付き合いにも寄りますが、）普段お世話になっているお礼も込めて、簡単なお祝いを贈っておくのが良いと思います。

上場、新装開店、新規事業部開設や支店開設などのときのお祝いは大概花なので、仰るとおり花が良いと思います。（今頃ですと、胡蝶蘭ですかね･･･。）

http://q.hatena.ne.jp

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法人専用フラワーギフト　：： CHINJUEN （珍樹園） ：： 　　

よくあるお花や観葉植物以外にも、こんなものもオフィス向けギフトになりますよ。

デザイナーズ家具のインテリアショップ hhstyle.com

個人的な経験から言えば、オフィス自体にカード付きでお花を贈った以外に、ご挨拶に上った時に社長にはウィスキー、当該部署と当該担当者にはちょっとしたお菓子をお土産に持って行きました。