それらを無視して新しいウィンドウを開くには、どのようにソースコードを書けばよいでしょうか？
<a href="xxx" target="_blank"> 以外には無理でしょうか？
（出来れば、小さいウィンドウを開きたい）
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ポップアップブロック機能が付いているということは、見ている人がそれだけポップアップを出して欲しくないと思っているということです。小さいウィンドウを別途開きたいという考えを改めたほうがよいと思います。
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わたくしは試してませんがスパイウェアで試してみてはどうでしょうか？それでポップアップ機能が有効か無効か試すことはできると思います。もし有効ならそこから調査するのもいいかもしれません。
ポップアップはそれだけ迷惑ということも忘れないでください。
http://www.keyman.or.jp/3w/prd/41/30001141/?vos=nkeyadww10000554
上記の【アドウエア】をご確認ください。
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そこらへんは重々承知でございます。
システム組む側として、どのような対応や抜け穴があるのかを知る必要もあると思っての質問です。