JavaとMavenの質問です。

確認した訳ではないですが、以下の方法があるかと思っています。

・サードパーティライブラリの再構築

・出力jarファイルのMANIFESTの書き換え

・Mavenの設定でクラスパスの順序を指定（できるかどうか不明）

後者２つについては、ロードされるのはどちらか一方であったとしても、実行時に同一クラスの実体がクラスパス中に2つ存在してしまうので、将来的なことも含めると何かと問題になりそうです。

サードパーティライブラリの再構築であれば、現在の開発中に1度だけjarファイルを再構築するだけですみ、シンプルだと思うのですが、いかがでしょうか？

jarを一度解凍し、対象クラスファイルのみを修正したものに置換し、再度jarファイルにし、それを利用するということです。