インターネット上で、性器の画像を掲載するのは違法だと思いますが、それが教育用のコンテンツ（性教育、性病予防）の場合も違法なのでしょうか？

違法ではない、と思われます。

先に書いておくと、以下の二つのＵＲＬには性器の写真が含まれています。

いずれも医学・病院関係。

http://homepage3.nifty.com/hinyoukika/page018.html（性器ヘルペス）

http://www.nankodo.co.jp/yosyo/xforeign/nejm/351/351nov/35122tw....（尿道下裂と発育障害を呈する生後 23 日の乳児）

「性器の写真をネット上に掲載することが法に反する」

とすれば、関係する法律はわいせつ物陳列罪と思われます。

しかし、Wikipediaを見ると、（「わいせつ」の項）

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%8F%E3%81%84%E3%81%9B%E3%81%A...

わいせつ三要件

1. 通常人の羞恥心を害すること
2. 性欲の興奮、刺激を来すこと
3. 善良な性的道義観念に反すること

とのことです。

「見えてたらダメ」とかいうことではなく、わりと抽象的な基準なわけです。

前掲の写真が「性欲の興奮、刺激」を来すとはあまり思えません。

（いや、中には興奮する人もいるかもしれませんが……。しかしそれを言うと、世の中には干してある洗濯物を見て興奮する人もいるので、あくまで「通常人」という限定で）

医学・教育目的である、との方針が明確であれば、「善良な性的道義観念」には反しないと思いますし、いたずらに扇情的な画像にもならないでしょうから、わいせつ物とは見なされない、と考えます。

もちろん、合法だと思っていたらある日警察が踏み込んできてパソコンを押収されたりしないか、ということまでは断言できませんが、「最高裁まで争えば勝ち目の方が大きい」という意味において合法だと思います。