通販サイトの運営をやっているのでネットで物を買うことが多いのですが、

ホームページのユーザビリティをコンサルティングしています。
このECサイトが良いというのは直ぐに思いつきませんが、ユーザビリティから考えて、メニューを除いた中央にあるコンテンツ内にクリックする選択を入れると分かりやすいと思います。
クリックはボタンにして、ボタンの色や大きさは全体のレイアウトと違和感の無い大きさ・色にすることも大切です。よく、「カートに入れる」を右上に設置しているサイトがありますが、製品を選択後に右上のボタンを選択させるのは、カートの仕組みに慣れていないユーザーは戸惑うと思います。
レイアウトは上から下に、ボタン操作を行う上でスムーズな場所にあるのが優しいサイト、購入に繋がるサイトだと思います

デザイン系ですが、ECサイトです↓どうでしょう

http://neovision.jp/
http://amanaimages.com/topics/campaign-ningenzukan/

以下にもいろいろありますが…UIがどうというものでもないですね。
http://www.designlinkdatabase.net/datas/0_50_0_0000_01_0_-1_0_0_0_0_1_search.aspx

楽天のユーザビリティは酷い状態ですが、amazonは比較的良く出来ていると思いますが、いかがでしょうか？

ちょっと古いですが、ヤコブ・ニールセンのコラムをふと見つけたので、載せておきます。

タイトルはAmazonに批判的なように見えますが、本質は「Amazonは優れているが、Amazonを真似するな」という内容です。

Amazon：もはやeコマース・デザインの手本にしてはいけない
http://www.usability.gr.jp/alertbox/20050725.html