No.1
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「情報科学」と「情報工学」のうちのソフトウェア系はほぼ同じです。単に大学の設置学部などによるとおもってよいでしょう。ですから、「情報科学の中の自然言語処理専攻」と「情報工学の中の自然言語処理専攻」とは同じです。
なお、おおぐくりで言えば文科系のところでも「言語学の中の言語工学専攻」というと、同じことをやっているところがあるでしょう。
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