Windows2000/XP/Vistaなどではディレクトリやファイルにはユーザごとにアクセス権限が設定できる(NTFSパーティションだけですが)のは良く知られていると思いますが、レジストリにも個々にアクセス権限を設定することが可能です。
該当するレジストリのアクセス制限をかけてしまうことで、ツールからのレジストリアクセスをガードできます。(通常のレジストリはデフォルトでほとんどのユーザからアクセス可能になっています)
管理者向けソフトが動作するユーザ権限のアクセスを禁止して、普段そのソフトを使っているユーザ権限のみアクセス許可にしておけば問題ありません。
管理者向けソフトが動作するユーザ名とソフトを使っているユーザ名が同じ場合は、ソフトを使う専用のユーザアカウントを作成し、そのユーザのレジストリアクセスだけを許可します。RUNASでユーザ名指定でそのソフトを起動するバッチファイル、またはユーザ名指定で起動するショートカットを用意しておけば、ソフトの起動も問題なくできます。
レジストリエディタでのアクセス権限の設定方法はこちらに図入りで説明がありますので参考にしてください。
なるほど、アクセス権限とは目からうろこです。
ただ、管理者はWindowsupdateをしっかり当てているかもここで見ているようなので、まるっきり見えないようにしてしまうのはちょっと問題ありでした・・・。
でも、大変さんこうになりました!