新井白石の「蝦夷志」で元寇の前に安東氏がアイヌ人たちと戦争をしたという記録や、元が元寇の前に樺太を占領したと記述がありますが、これは現在正史で扱われてはいません。これはどの程度信用ができますか？

質問の趣旨がやや不明ですが、参考のために、考え方として二点だけ指摘したいと思います。

第一は、「正史」は基本的に支配階級の正統性に関する「神話」だということ。現在は学問の自由がありますから、様々な非正統的な「歴史」を掘り起こす作業も公然と行われていますが、時代によっては弾圧され・闇に葬り去られたり、傍流として扱われます。

「蝦夷志」は、今、手元にないので確認できませんが、傍流として忘れ去られる可能性のあった「歴史」を記録したものとして貴重なものだと思います。これは新井白石の類稀な実証精神と高い地位にして初めて可能になったと考えて良いのではないか。

第二は、鎌倉政権は基本的に地方政権、あるいは貴族政権との二重政権であって、この二重性が克服されたのは、せいぜい秀吉の全国検地・刀狩以降のことです。鎌倉政権の主要な関心は京都を中心とする貴族政権との戦い・荘園の侵食と守護・地頭権力の扶植であって、北海道以北に構っている余裕はなかったと考えて良い。安藤氏は松前守護とは云うものの、今一つ分かり難いのはこのような事情が係っているのでしょう。

現在の「国境」という概念から遡及して、日本がまとまった統一性のある政治支配を考えがちですが、北海道・樺太、沖縄、壱岐・対馬などは、それぞれ自由に大陸と交流していたと考えるほうが自然です。北海道・樺太方面はアイヌ・ギリヤークが自由な交流を重ねていた。そこに大きな政治権力が介入してくると、それを利用して地方権力を確立しようとする動きが出てくる。これは今も昔も変わらない。ユーゴ、イラク、アフリカ諸国の内紛を見れば明らかです。

以上の二点を踏まえて、新井白石の伝える史実は、それを明白に否定する史料がない限り、事実として扱うべきだと思います。

以下は関連サイトを参考に挙げておきます。

○もう一つの日本文化（３つの元寇）

http://diary.jp.aol.com/4zuybfrhzp/9.html

○北方領土問題

http://www.ne.jp/asahi/cccp/camera/HoppouRyoudo/Hoppou2.htm

○千島南部/ロシア・日本関連年表

http://www.ne.jp/asahi/cccp/camera/HoppouRyoudo/Hoppounenpyou.ht...

○日本の北方地域侵出史

http://www.ne.jp/asahi/cccp/camera/HoppouRyoudo/KAIHOMINEO/Shins...

○アイヌ モシリ年表

http://www.alles.or.jp/~tariq/kampisosi/historyMakunsir.html

○本州アイヌと戦国領主の関係・後編

http://mytown.asahi.com/aomori/news.php?k_id=02000220708010001