さきほど

基本的に、丁寧語は相手が上位のときに使う言葉です。

謙譲語や尊敬語ではないので、行為の主体によらず使うべきでしょう。

たとえば店先で、

「川端康成の本あります？」

ときかれれば、

「ございます」

と答えます。店側の行為ですが、丁寧に答えるべきですから、

「あります」

では失礼になってしまいます。

したがって、この場合、後ろの部分も「ございます」の方がよいと思います。

日本語として間違っていると言うほどのことはありません。

ただ、この場合、契約を締結するのもお客様の方を中心に考えた方が良いので、ありますにする必要は無いでしょう。

「○○をご提出いただくことがございますが、その際には○○契約を締結させていただくことがございます」

敬語が連続するとくどくなるという考えもあって、この場合、

「○○をご提出いただくことがありますが、その際には○○契約を締結させていただくことがあります」

でも良いと考えられます。

「○○を提出いただく場合には、弊社と○○契約を締結させていただく場合がございます」

とすれば良いのでは？と思いました。

同じ表現を一文で2度使うと語感が悪くなるというところからの提案です。

（お客様に）○○をご提出願うことがございますが、

その際には（お客様に）弊社との契約をご承諾していただくことがあります。