フォルダ階層ごと移行する方法はわかりませんが、フォルダ単位なら次の方法でなんとかなります。
1. Windowsメイルのメイル本体が格納されている場所を開く(探す)
下の「Outlook Express 6 に Windows メールのデータを取り込む方法」の説明の
http://support.microsoft.com/kb/936062/ja
で6番のところまで行い。7でコピーせず、localLocal Foldersをクリックして開きます。
いくつかフォルダが(Windowsメイルのフォルダーに対応しています)あるので、開いて見てください。
eml形式のファイルがたくさんあります。それぞれがメイル本体です。
2. Beckyを開き、Windowsメイルと同じような差出人ごとフォルダを作っておきます。
3. Beckyで差出人のフォルダを選択した状態で、メニューからファイル->インポート eml形式を選びOK
ここで、「フォルダを指定してその中のすべてのemlファイルを取り込みますか」で「はい」をクリック
フォルダの選択で、先ほどのwindowsメイルのemlファイルが入っているフォルダを指定します。
丁寧にお答えいただき、感謝いたします! ありがとうございます!