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話を続けられるほど解読できなかったので,簡単な内容説明を.
手紙の内容を英語になおすと,
correct right crown
flame lead load
erect regal frame
collect read road
pray legal flight
elect light lock
rock royal fright
play loyal clown
のように,r と l だけが異なった単語のペアだけから構成されることがわかります(例えば,correct と collect など).
というわけで,キーは "r" と "l" のようです.最初に羅列されている言葉も,英単語に直すと,"r" もしくは "l" が含まれていて,それらの単語は,文中には出てこないものの,同様のペアが作れるような英単語が存在します(スペースアルク大先生に聞いてみたらありました).
『そして権利ある言葉の紙は権利ある箱に入れよ。残りの紙は残った箱に入れよ』は,
"権利ある -> right" と解釈すると,
"right な箱に right な言葉を入れる -> 右の箱に r のつく言葉を入れる" と解釈できます.ちょっと強引でしょうか...
このように,意識を戻した主人公は,何者かから r と l のつく英単語を仕分ける作業を命じられています.
英語の勉強をしながら寝てしまったのでしょうか?
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(「この話を続け」ることは出来ませんが、
「完全な回答でなくとも…」とのことでしたので、ちょっと書いてみます)。
日本語→英語に直して、
R⇔L違いとなる単語セット、ですか?
コレクト 正せ / 集めよ
ライト 正義の/ 軽量なる
クラウン 王冠 / 道化
レッド 読み込まれた/鉛の
ロード 道 / 重荷
エレクト 立たせよ/選べ
ロイヤル 王室の/ 忠実なる
フレイム 骨組 / 燃えよ
プレイ 祈るのだ/演じよ
リーガル 王者たる/合法なる
フライト 恐怖 / 飛翔
ロック 揺れよ/ 錠前
(左がR、かな?、ちょっと自信なしです)。
(なお、冒頭の「…開花する小魚…」も同様ですね?)
「権利を持つ言葉とそうでない言葉」は、よくわかりませんが、
have right で「R」が「権利を持つ言葉」っぽいでしょうか?
z-1 さん正解です。
himuhimu さん正解です。
質問者が作ったストーリーは落ちもなにもないつまらないもので、
「英語の勉強をしながら寝てしまった」という解釈の方が良いですね。