「任意の」ということは、外部から解析したいというご質問ですね。
であれば、そのような解析ツールは存在しません。
Webサイトのルートは public_html とは限りません。また、公開サーバには一定のセキュリティがかかっており、外部から構造を知ることはできないようになっています。
SSHやTelnetによる公開サーバへの接続ができれば構造を知ることができるでしょうが、そのためにはサーバに論理攻撃を仕掛けたりIDやパスワードを盗み出す必要があり、これは明らかな犯罪です。
構造解析~取得ツールであればwgetなどが有名だと思いますが、
Windows用のフリーソフトで特定のURL配下を丸ごと保存してしまうようなものもあります。
http://www.forest.impress.co.jp/lib/inet/browser/webextn/webox.h...
直感的に使用し易いものを選ばれるのがよいかと思います。
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