ああ，いいA，ううB，ええC，おおC，かかA、さくら，ももA，りんごB，ぶどうC

前半の名前の部分にアルファベットを含むものが来ないという条件でですが、以下の手順で十分ではないでしょうか？

１．「,」で要素を区切る。

２．各要素について、以下を繰り返す

３．アルファベットで終わるかどうかを正規表現で確認

４．３でマッチした場合には、そのアルファベットのデータとして登録

５．３でマッチしなかった場合には、アルファベット無しのデータとして登録

手元ですぐにPerlを動作確認できる環境がなかったので、PHPのコードになりますが、次のような感じで動作すると思います。

<?php

function insert_result(&$result, $name, $type) 
{
    if (!is_array($result[$type])) {
        $result[$type] = array();
    }
    $result[$type][] = $name;
}

$line = 'ああ,いいA,ううB,ええC,おおC,かかA,さくら,ももA,りんごB,ぶどうC';

$elements = explode(',', $line);
foreach ($elements as $element) {
    if (preg_match('/(.*)([A-Z])$/', $element, $matches)) {
        insert_result($result, $matches[1], $matches[2]);
    } else {
        insert_result($result, $element, '');
    }
}

print_r ($result);
?>

何かの参考になれば。

正規表現ではなくて文字コードのほうが問題になるかと思うのですが・・・。

それはさておきメモ帳でコードを作成してWindows版perl上で実行してみましたが参考になりますでしょうか？

# データ準備
$a = 'ああ，いいA，ううB，ええC，おおC，かかA、さくら，ももA，りんごB，ぶどうC';

# データ整理（、以降を最初に処理させるために先頭に持ってきてから配列化）
$a =~ s/(.+)、(.+)/$2，$1/;
@a = split('，', $a);

# ハッシュへ代入（アルファベットが無いものはスペース）
%b;
foreach(@a) {
    if(/(.+)([A-Z])$/) {
        $b{"$2"} = join(',', $b{"$2"}, $1);
    } else {
        $b{" "} = join(',', $b{" "}, $_);
    }
}
#
# 結果出力（アルファベット順にソート）
foreach(sort keys %b) {
    print "$_$b{\"$_\"}\n";
}

実行結果

 ,さくら,ああ
A,もも,いい,かか
B,りんご,うう
C,ぶどう,ええ,おお

$1や$2はマッチングを伴う処理を行う度に内容が変わっていきますので

必用であれば取得した直後に使うようにしてみてください。

$a =~ s/(.+)、(.+)/$2，$1/;
print "1:$1\n";
print "2:$2\n";
print "3:$a\n";
@a = split('，', $a);

デバッグ中に、変数の内容を中途で表示させる事はよくありますが

その際にはどの位置でプリントアウトさせたのかを示すため

マーカー（今回は行の先頭に1:や2:をつけてます）をつけると良いかと思います。

# データ準備
$a = 'ああ，いいA，ううB，ええC，おおC，かかA、さくら，ももA，りんごB，ぶどうC';

# データ整理（、以降を先頭に持ってくる）
$a =~ s/(.+)、(.+)/$2，$1/;
print "1:$1\n";
print "2:$2\n";
print "3:$a\n";
@a = split('，', $a);

# ハッシュへ代入
%b;
foreach(@a) {
    if(/(.+)([A-Z])$/) {
        $b{"$2"} = join(',', $b{"$2"}, $1);
    } else {
        $b{" "} = join(',', $b{" "}, $_);
    }
}
#
# 出力
print "-----結果-----\n";
foreach(sort keys %b) {
    print "$_$b{\"$_\"}\n";
}

出力結果

1:ああ，いいA，ううB，ええC，おおC，かかA
2:さくら，ももA，りんごB，ぶどうC
3:さくら，ももA，りんごB，ぶどうC，ああ，いいA，ううB，ええC，おおC，かかA
-----結果-----
 ,さくら,ああ
A,もも,いい,かか
B,りんご,うう
C,ぶどう,ええ,おお