ウィンドウスで、ユニコード（UTF16）のファイルがあります。

Windowsのコマンドプロンプトは、マルチバイト環境なのでリダイレクトでUnicodeファイルを出力することはどうやっても不可能です。

コンソールのリダイレクトを使わずに単体のプログラム内で完結したソートをする必要があります。

スクリプトで書いてみましたのでよろしければどうぞ。

適当なファイル名(例:sort.js)で保存して、コマンドプロンプトから

cscript sort.js 入力ファイル名 出力ファイル名

で実行してください。UTF-16の中国語テキストファイル(4MB)がソートできることは確認しました。

fso = WScript.CreateObject("Scripting.FileSystemObject");
wsh = WScript.CreateObject("Wscript.Shell");

if(WScript.arguments.length != 2){
	WScript.echo("入力ファイル、出力ファイルを指定してください");
	WScript.quit();
}

fileName = WScript.arguments.item(0);

try {
	txtFile = fso.openTextFile(fileName, 1, false, -1);
} catch(e){
	WScript.echo(e);
	WScript.echo("ファイルオープンエラー(" + fileName + ")");
	WScript.quit();
}

lines = new Array;

i = 0;
while(!txtFile.atEndOfStream){
	lines[i++] = String(txtFile.readLine());
}

txtFile.close();

lines.sort(function(a,b){ return a.localeCompare(b); });

txtFile = fso.createTextFile(WScript.arguments.item(1), true, true);
for(i = 0; i < lines.length; i++){
	txtFile.writeLine(lines[i]);
}
txtFile.close();

fso = null;
wsh = null;

WScript.quit();

URLはダミー

http://q.hatena.ne.jp/1224777958