３年間の任期付きで採用されて、途中で病気休職した場合、休職期間はその任期に入りますか。

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何のための期間計算かによって扱いが変わります。

例えば、有給休暇の勤続年数には含まれます。

（もっとも、8割以上出勤の要件を満たせないので復職直後に有休はないけど）

退職金の計算には入れる場合もあるし、規定によりけり。

単純な勤続年数には含むのが通例かと、、、

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こちら参考になりますでしょうか。

病気療養のため休職していた河合隼雄文化庁長官（７８）は１７日付で任期満了に伴い退職した。

http://www.47news.jp/CN/200701/CN2007011701000005.html

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当然に任期に含まれえる

病気療養は本人の個人的事情である

任期というのは仕事上の期間を言うものであるから

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入ります。