サーバは使えるnet仮想専用VPSを使っています。

回答したいのですが、
URLが必須と言われてしまいます・・・・。
URLを入力しているのに！
ですので、ここに書きます。
ＨＴＴＰ通信ということでよいですよね。

ーＨＴＴＰ通信以外の場合
ＦＴＰでは簡単に実現できるべきですので。
ＦＴＰで無理な場合は、ルート権限が与えられているので、
ＳＳＨで遠隔操作できるので、
たとえば、htdocのindex.htmlと同じ階層にアップロードしたあと、
SSHでログインしたあと、
$cd htdocへの相対パス
$cp 移動したいファイル ../
でOKです。

HTTP通信の場合は、
PHPなどのスクリプトとHTMLを組み合わせて使います。
たとえば、HTMLで、
<input type="file" name = "hogehoge" id = "hogehoge" />
とかしてアップロードをできるように設定した後、
<form action="abc.php" method = "post>

</form>
で、<input>をはさんでやり、
同階層にabc.php
ファイルを作って、アップロードした時に、自動的に一つ上の階層にコピーする
ように設計すればオッケーです。


http://php.s3.to/man/features.file-upload.html

が参考になるでしょうか・・・。

id:happy778 さんの場合ですと、
リンク先URIでいうところの例２の$uploaddir='/var/www/uploads/';
の'/var/www/uploads/' をアップロードしたいディレクトリに設定すればよいです。

他には、
http://www.stackasterisk.jp/tech/php/php02_07.jsp
なども参考になるかもしれません。
がんばってください。

回答ありがとうございます。
SSHで接続してファイルを移動しようとしても
Permission deniedと表示されアクセスする権限がないようです。
どの方法を使ってもこの階層に新しいファイルを作成することが出来ません。

おそらく何かしらの設定でこの階層へ手を加えることを許可する必要があると思うのですが
その許可を出す設定の仕方がわかりません。

どなたかご存知の方は教えて頂ければ幸いです。

再度コメント失礼いたします。
パーミッションの設定は、
chmod という命令で実現可能です。
[すでにしっていたらごめんなさい・・・]
たとえば、同じ階層にあるabc.html というファイルにアクセスしたい場合は、
chmod 777 abc.html とすると、だれでもアクセス可能な状態にすることができます。
[ちょっと危険]
これはフォルダについても言えることです。
abc/　フォルダの権限を替えたければ、
chmod 777 abc
でオッケーです。

真ん中の７７７は、権限をどうするかです。
百の位はオーナー
十の位はグループ
一の位はユーザーです。
http://itpro.nikkeibp.co.jp/article/COLUMN/20060227/230728/

再度アドバイスありがとうございます。
SSHからパーミッションを変更しようとしても
changing permissions of `http': Operation not permitted
と表示されパーミッションすら変更することができません。
この階層だけです。

やはり別の設定方法があると思うのですが、それがわかりません。

また何か分かりましたら、よろしくお願いします。