(一般的なウィンドウズのオーディオ再生・録音の項目で、録音を｢すべてのオーディオ｣にする感じ)
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音楽目的であれば、ソフトで別々に録音していくのがベストかと思います。
又は、（VSTプラグインシンセの挙動はわからないのですが）別PCを用意するのも別の選択肢でしょう。
いずれもズレや尺の違いなどが発生しますが、（尺に関してはピュア志向ではやや難があるかもしれませんが）調整で事足りるのはご存知かと思います。
もうひとつ、機器を壊す危険も覚悟してならばライン出力とライン入力とを接続する、という手もあります。
音楽用途以外でしたら、内蔵か別のサウンドカードで、、、というのは駄目なんですよね？
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できれば(面倒という理由で)別のサウンドボードなど使わずにやりたいんです。
簡単に説明すると音声チャットで外部入力の音声とMP3などの音声を一緒にアウトプットしたいんです。