国税タックスアンサーの文言がよく飲み込めないので質問です。
私は建設業の一人親方なので、
「大工、左官、とび等に対する所得税の取扱について」
http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/tsutatsu/kobetsu/shotoku/shinkoku/550222/01.htm
に倣って、仮に年収４５０万だったとすると、給与所得分＝４５０万円＊０．１＝４５万円となり、次に
「サラリーマンの必要経費の概算計算(給与所得控除)」
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1410.htm
に倣って、給与所得控除額＝４５万円＊０．４＝１８万円となり、
給与所得分の控除後金額＝４５万円－１８万円＝２７万円
ということでよろしいのでしょうか？（Q1）
とるすと、給与所得控除表の一番目の「650,000円に満たない場合には650,000円」とは
何を意味しているのですか？（Q2）
それとも、２７万円は６５万円に満たないので４５万-６５万＝-１５万→マイナス分を事業報酬に
繰り越すことはできなので、給与所得０円ということになるのですか？（Q3）
「Aに満たない場合にはB」と書いてあるのに主語Aが「給与等の収入金額」を指しているのか
「給与所得控除額そのもの」を指しているのか、「控除後の金額」を指しいるのか、さっぱりわかりません。

100pt

「650,000円に満たない場合には650,000円」というのは、

給与所得控除額は最低でも650,000円ということです。→Q2への回答

ですので、Q1への回答としては４５万円－６５万円＝－２０万円

ということになるのではないかと思います。

ただ、所得税法上、651,000円未満の給与収入の場合は

給与所得は０円と別表で定められていますので、

所得税法的には計算以前に４５万円の給与収入であれば

給与所得は０円と考えるということになるのではないかと思います。

もともと給与所得が０円ということで、事業所得との損益通算という

問題は生じないというのがQ3への回答です。

100pt

＞給与所得分＝４５０万円＊０．１＝４５万円

あっています。

＞給与所得控除額＝４５万円＊０．４＝１８万円となり、

給与所得分の控除後金額＝４５万円－１８万円＝２７万円

→1,800,000円以下 収入金額×40%　650,000円に満たない場合には650,000円

となり、所得はゼロとなります。

＞それとも、２７万円は６５万円に満たないので４５万-６５万＝-１５万→マイナス分を事業報酬に

繰り越すことはできなので、給与所得０円ということになるのですか？（Q3）

→給与所得０円であっています。

＞「Aに満たない場合にはB」と書いてあるのに主語Aが「給与等の収入金額」を指しているのか

「給与所得控除額そのもの」を指しているのか、「控除後の金額」を指しいるのか、さっぱりわかりません。

→1,800,000円以下 収入金額×40%　650,000円に満たない場合には650,000円

この解釈です。

つまり、1,800,000以下の人は、収入×40％です。

が、その1,800,000以下の人の中でも650,000円にならない人は、一律650,000円控除しますということです。

1,800,000以下の人の扱いのなかに、二つわかれているんですね。

65万以下の人と、65万1円以上180万以下の人と。

どこかで聞いたことがないでしょうか。

103万以下にパートの収入をおさえたい。そうすれば旦那の、家族の扶養に入れる

これは、103万（収入）-65万（必要経費）＝38万となり、基礎控除38万があるので税金がかからない。

払う税金がないから、誰かの扶養になれるということです。

ここらへんはあまり関係ないかもしれませんが、参考に。

まず、事業所得で計算をします。

それから、給与所得の計算をします。

計算は別々に行います。

何とか控除というものがでてきて、マイナスがそれぞれに出てきていたとしても、どちらかにプラス（どちらかから引く）はできません。

100pt

http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1410.htm

質問文のリンク先に提示されている一定の要件に該当する年間収入が４５０万円の場合、給与所得の収入金額は１０％を掛けた４５万円となります。表の右側は「給与所得控除額」を求める計算方法が記されています。

従って給与所得控除額を算出するには、４５万円に４０％を掛けます。１８万円が求まります。１８万円＜６５万円ですから６５万円に満たない数値です。その場合の、給与所得控除額は４５万円になります。

４５万円ー４５万円＝０

即ち、給与所得は０円と算定されます。

質問文からです。

に倣って、給与所得控除額＝４５万円＊０．４＝１８万円となり、

給与所得分の控除後金額＝４５万円－１８万円＝２７万円

ということでよろしいのでしょうか？（Q1）

給与所得控除額は１８万円で正しいです。６５万円に満たないので収入金額に４０％を掛けた数値から算定する方法ではなく、今度は６５万円が給与所得控除額となります。では、４５万円ー６５万円＝ー２０万円と計算されると思われるでしょうが、給与所得に赤字というのは発生しません。事業所得は必要経費が収入よりも多ければ損失を計上できますが、給与所得の最低額は０円になります。

質問文からです。

とるすと、給与所得控除表の一番目の「650,000円に満たない場合には650,000円」とは

何を意味しているのですか？（Q2）

表の右側は給与所得控除額を求める計算式を示しています。その結果を基にして６５万円との比較しています。

収入金額×40%＝Ｘ

Ｘと６５万円を比較します。

Ｘ＜６５万円

上記の場合が、「650,000円に満たない場合」です。但し、マイナスは生じませんから収入金額が給与所得控除額と同額になり給与所得の金額は０円となります。

質問文からです。

それとも、２７万円は６５万円に満たないので４５万-６５万＝-１５万→マイナス分を事業報酬に

繰り越すことはできなので、給与所得０円ということになるのですか？（Q3）

繰り返しになりますが２７万円ではなくて、給与所得は０円です。最初に戻りますと、４５０万円の収入の内、４５万円は給与所得として課税しませんと認容していることになります。

http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1410.htm

税法は確かにややこしいです。原則的な計算方法は上記に書いた通りです。下記のように「ただし書き」がありまして、実務では所得税法別表第五を使います。また電算処理用の算式もあります。

ただし、給与等の収入金額が660万円未満の場合には、次の表にかかわらず、所得税法別表第五により給与所得の金額を求めます。

http://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/gensen/nencho2008...

http://www.houko.com/00/01/S40/033H5.HTM

下の表の方が見やすいです。

給与等の金額（収入金額のことです）が651,000円未満の「給与所得控除後の給与等の金額」欄は０になっています。給与所得控除額を求める計算は省いて給与所得の収入金額から給与所得控除額を控除した数値が算定されています。

参考

給与所得の収入金額：1,619,000の場合

1,619,000*40%＝647,600

６５万円に満たないので1,619,000から６５万円を控除します。

1,619,000-650,000=969,000

969,000円になります。

給与所得の収入金額：1,624,000の場合

1,624,000*40%=649,600

これも６５万円に満たないので1,624,000から６５万円を控除します。

1,624,000-650,000=974,000

974,000になります。

給与所得の収入金額：1,628,000の場合

1,628,000*40%=651,200

ここで給与所得控除額が６５万円を超えました。６５万円を超えていますので最初の表に基づくならばその額が控除額になります。

1,628,000-651,200=976,800

別表５において、976,800になっています。

http://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/gensen/nencho2008...

参考です。

http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/tsutatsu/kobetsu/s...

前の回答を補足しますと、この通達は事業所得と給与所得の区分が明らかでない場合に適用されます。

個々の収入の性質に応じ請負契約に基くものは事業所得とし、雇よう契約に基くものは給与所得とすべきものであることはもち論であるが、その区分の明らかでない下記に掲げる者の受ける報酬については、下記によるもさしつかえないものとして取り扱われたい。

http://www.e-kosaka.com/zeimu/rep03001.htm

下記の要素を総合していずれの所得に該当するか判断してください。

2.2. 給与所得との境界

給与所得とは、俸給、給料、賃金、歳費及び賞与並びにこれらの性質を有する給与に係る所得をいう（法28①）。一般に、給料や賞与については、典型的な給与等としても何ら疑問の余地はないが、実際には、ある具体的な収入が給与所得であるか、事業所得又は雑所得に当たるかについて、その判断には相当の困難を伴う場合が多い。そのような場合、次のような要素を総合していずれの所得に該当するかを判定する([12])。

①役務の内容が他人の代替を許さないかどうか

②自己の計算において役務の提供上必要とする旅費、通信費、接待交際費、材料費等の負担をしていないかどうか

③作業用具の供与を受けているかどうか

④役務の提供に当たり、個々の作業について指揮監督を受けるかどうか

⑤特定の者に従属して役務を提供しているかどうか

⑥まだ引渡しを終えない完成品が不可抗力のため滅失した場合等においても、報酬の請求をする権利があるかどうか